斗门区处于珠江三角洲的西南角，即磨刀门到崖门之间。即东经113°0.5′至113°25′，北纬21°59′至22°25′之间。从赤鼻岛至白蕉七围交界线，东西之间最宽33.4公里。总面积674.8平方公里。

斗门雨量充沛，变率很大。年平均降雨量为1998.8毫米，最大年3339毫米(1973年)，最少年为1171毫米(1963年)。年降雨量基本是自北向南递增，六乡镇以南地区，是全区降雨量较丰富的地区，中部黄杨山四周和西南部沿海地区为多雨中心，中心内以平沙农场最大，年降雨量为2250毫米以上。大于或等于0.1毫米的雨日150天左右，约占全年日数40%。北部上横、莲溪两镇为少雨区，也有1900毫米左右。主要农作物需水量，与降雨量比较，斗门区80%以上年份的降雨量超过作物需水量650毫米左右，30%的年份并可超过需水量1000毫米左右，只有个别年份明显亏缺。