阿合奇县位于新疆维吾尔自治区西部的天山南脉腹地，克孜勒苏柯尔克孜自治州北部。北部与吉尔吉斯斯坦交界，国境线长286．7公里。总面积16797平方公里（包括乌宗图什河源地区2843平方公里以及与邻县争议地区3085．5平方公里）。

阿合奇县地处新疆西部天山南脉腹地，距阿克苏180公里，总面积1.8万平方公里,西北部与吉尔吉斯斯坦共和国交界，边境线长286.7公里，有别迭里、契恰尔两大山口可通中亚各国，是下化柯尔克孜为主体的多民族聚居的边境县。

地势西北高东南低，自西向东倾斜。天山南脉横贯全境，北部为阔克夏勒岭，南部为喀拉铁克山，托什干河自西向东贯穿全境，形成两山夹一谷的特殊地貌。主要河流是托什干河及上游支流。属中温带大陆性气候。春季多风，夏季短而不炎热，秋季凉爽，冬季酷寒积雪少，且不稳定。年均气温6.2℃，年均降水185毫米。