位于杭州市教工路，1984年从浙江省博物馆中独立出来而建成。现址主要是一座标本库房，建筑面积3000余平方米。新建的陈列馆于1998年1月对外开放，建筑面积2000余平方米。馆内收藏着植物标本、矿物标本、水生生物标本、动物标本和两栖类标本等近10万件，其中不乏珍贵标本，如浙江临海出土的翼龙化石，是全国仅有的几件比较完整的化石标本之一。此外还有大量国家一类、二类保护动物、植物的标本，有不少还是当年建馆时采集而今已经绝种的标本。