会徽形似一个“花”字的变体，又像是一只翩翩飞舞的花蝴蝶，其黄、红、蓝三部分分别为C、Y、B三个字母，是“CHINA”及“园博”汉语拼音字母的缩写，又分别代表植物的果、花、叶———黄灿灿的果实、红彤彤的花朵、绿油油的叶脉。现在大家见到的园博会会徽为第三届中国国际园林花卉博览会的承办单位———上海市园林局献给园博会的一件厚礼，自第三届园博会以后一直沿用，第五届园博会第六界园博会除沿用会徽的图案外，还在右下角加注了“SHENZHEN2004”和“XIAMEN2007”字样，以突出园博会的举办地和时间。